Добавьте планировщик в фиктивный CCNode:
[расписание dummyNode: @selector (funcA :) интервал: 0,05];
Тогда вы можете использовать:
[dummyNode pauseSchedulerAndActions];
Он будет останавливать только планировщики в этом узле, который является вашим планировщиком.