Динамическая природа языка PHP (eval, использование переменных / функций через строки и т. Д.) Теоретически не позволяет программно определить, используется ли функция или переменная когда-либо в любых возможных ситуациях.
Ручной анализ кода, к сожалению, ваш лучший выбор.