Вы создаете автономное приложение с графическим интерфейсом (например, Swing)?
Если это так, вам следует подумать о том, как вы предоставляете пользователям варианты выхода из приложения.
А именно, если будет меню «Файл», я ожидаю, что будет пункт «Выход».
Кроме того, если пользователь закроет последнее окно в приложении, я также ожидаю, что оно выйдет из приложения.
В обоих случаях он должен вызывать код, который обрабатывает сохранение настроек пользователя.