Как уже говорили другие, для этого сценария лучше всего подойдет отдельное консольное приложение (запускаемое по расписанию) или служба Windows.
С другой стороны, если у вас уже есть все необходимые функции, доступные в веб-приложении, работающем на сервере, то вы, вероятно, можете настроить запланированное задание, которое запускает скрипт (VBscript, JScript), который, в свою очередь, вызывает страница веб-приложения.
Чтобы иметь какую-то защиту (например, предотвращение того, что любой пользователь может вызвать эту страницу), вы можете добавить некоторый код на страницу, который проверяет, была ли страница вызвана с http://localhost. Это по крайней мере предотвратило бы вызов страницы с удаленного клиента.