Была такая же проблема. Чтобы решить эту проблему я уменьшил
<dimen name="key_preview_backing_height">240dip</dimen>
от 240 до 200 и
<integer name="max_more_suggestions_row">6</integer>
от 6 до 5, которые не влияли на поведение клавиатуры, но исправили ту же проблему. Вы можете включить визуальную отладку, установив для sVISUALDEBUG в LatinImeLogger.java значение true и увидеть область, занятую key_preview_backing, в прозрачном красном.
У меня есть другая проблема, когда вы не можете щелкнуть что-либо за этим видом.