Дайте свое сообщение об ошибке, вы каким-то образом облажались, так что вызов PHP mysql_query обрабатывается как строка, а затем напрямую передается в mysql_query (). Возможно, это вызвано несбалансированным '
в предыдущей строке.
... syntax to use near 'mysql_query("create table ...
В правильно построенной строке запроса никогда не будет буквального вызова функции PHP.
Если вы передаете скрипт PHP в mysql непосредственно из командной строки, например,
$ mysql < somescript.php
это тоже не будет работать. MySQL не будет выполнять этот скрипт. Он попытается загрузить исходный текст кода буквально.