NCover 1.5.8 довольно старый и поддерживает только .NET2 и ниже - AFAIK.
Когда вы установите его, вы найдете FAQ, в котором рассказывается, как его использовать, и консольное приложение в файлах программы.
Вы также можете найти PartCover и OpenCover использования. Оба поддерживают .NET2 и .NET4, но OpenCover также поддерживает 32- и 64-разрядные, а также покрытие последовательностей и ветвей.