CodeIgniter - не идеальная среда, где вы можете тестировать свой код с помощью PHPUnit. Я сам пытался использовать FooStack один раз, и тогда это было успешно, но это слишком громоздко. Невозможно проверить модель, изолированную в CI, из-за божественного объекта, который создает CI.
Однако вы можете попробовать SimpleTest, вот хорошая библиотека, которая может вам в этом помочь: https://github.com/ericbarnes/codeigniter-simpletest
Кроме этого, имеется библиотека модульных тестов, поставляемая с CI - которая далеко не полностью соответствует структуре модульного тестирования, но позволяет выполнять базовые утверждения, отчеты и т. Д.
Если вы действительно серьезно относитесь к юнит-тестированию, я бы посоветовал вам перейти на фреймворки, которые ценят это. Мой фаворит - Zend Framework, но есть и другие хорошие: Symfony, Kohana, Lithium и т. Д.