Один из возможных (грязных :)) способов - отслеживать события Paned и заново устанавливать его размер:
def handle_cb (pane, param):
# detect if paned is locked
# or its position has changed - ommited
pane.set_position(10)
return True
pane = gtk.VPaned()
...
pane.connect("notify", handle_cb)
Хотя я бы сначала попытался установить дочерние виджеты без усадки.