Об уменьшении результирующего png:
Обязательно используйте лучший уровень сжатия (уровень 9) и, если возможно, используйте PNGOUT , чтобы сжать PNG еще лучше (есть плагин PNGOUT для IrfanView тоже).
Группировка изображений с похожими гистограммами может быть хорошей, обратите внимание, что PNG использует zLib, который использует скользящее окно, поэтому он будет работать лучше, если вы группируете изображения по горизонтали.
РЕДАКТИРОВАТЬ: То же самое для свободного места. Лучше иметь свободное место сверху или снизу изображения, чем слева или справа. Цвет свободного пространства не должен иметь большого значения, какой-то цвет, черный или белый должен быть в порядке.
Кстати, размер скользящего окна zLib составляет 32 КБ, поэтому он не так хорош для обнаружения дубликатов изображений, если изображения большие. В этом случае вам лучше обрабатывать изображения самостоятельно с использованием собственного алгоритма и использовать удаление дубликатов или дельта-фильтр.