Трудно понять, что вы хотите сделать, поэтому я угадаю:)
Используйте класс ввода-вывода Apache Commons с именем Tailer , чтобы отслеживать файлы, которые вы хотите отслеживать.(Если вы читаете из них то, что вы хотите сделать).Javadoc для класса имеет примеры того, как использовать его с потоками.