При отладке компилятор скопирует вашу базу данных SqlCe в папку bin \ debug, и именно ее вы будете использовать во время работы вашей программы.
Таким образом, когда вы копируете данные во время отладки, они не попадут в базу данных, которая является частью вашего проекта, а в базу данных в папке отладки!
Использование следующего инструмента может помочь. Это позволит вам записать данные из вашей базы данных в сценарий sql, чтобы вы могли запустить их в своей среде публикации.