Перейдите в диалоговое окно Build Path
(right-click project > Build Path > Configure Build Path
) и убедитесь, что в списке есть правильная исходная папка, и убедитесь, что она существует.
Исходная папка - это та, в которой содержатся ваши источники, usuglalyв форме: project/src/com/yourpackage/...