Вы можете использовать гибрид Batch / JScript, поэтому вы можете использовать метод WScript.Run.
Со вторым параметром = 7 вы получили его.как свернутое окно. Активное окно остается активным.).
Метод запуска MSDN
@if (@X)==(@Y) @goto :Dummy @end/* Batch part
@echo off
setlocal
cscript //nologo //e:jscript "%~f0"
goto :eof
Jscript part begins here */
var sh=new ActiveXObject("WScript.Shell");
sh.Run("cmd /c wait.bat",7,true)
sh.Run("cmd /c wait.bat",7,true)
wait.bat
ping -n 5 127.0.0.1