Это может зависеть от масштаба. Если это корпоративное решение с различными приложениями, использующими один и тот же источник членства, ответ прост - разделите их. Также могут быть причины производительности, почему вы хотите отделить эти данные от остальной части приложения. Возможно, эти таблицы не принадлежат хранилищу данных, например.
Единственное, что не дает решение для 2 баз данных, это ссылочная целостность. Если вы расширили свои таблицы членства, чтобы хранить больше специфических для приложения сведений о пользователе, и эти таблицы должны быть связаны с основной базой данных, то вы, возможно, захотите сохранить их вместе. В противном случае вам потребуется какое-то задание на репликацию, поддерживающее это для вас.