Я столкнулся с той же проблемой, я не могу удалить ToolKit, потому что мне нужен элемент управления AutoCompleteBox, и я не хочу включать и изменять исходный код набора инструментов; поэтому в качестве решения я использовал внешний псевдоним для ссылки на инструментарий.
Чтобы сделать это в Visual Studio, щелкните правой кнопкой мыши ссылку WPFToolkit и выберите свойства >>, затем измените поле «псевдоним» на WpfToolKit или любой другой псевдоним по вашему выбору.