Как упомянул yi_H в своем комментарии, вам понадобится 64-битная операционная система и файловая система, поддерживающая большие файлы. Предполагая, что каждый узел содержит порядка 2 ^ 5 = 32 байта данных, 2 ^ 40 узлов приведут к 2 ^ 45 байтов = 32 терабайта. Теперь, предполагая, что вы не работаете на современном военном истребителе, вам нужно отобразить большую часть этих данных на жесткий диск.
Как только данные будут на вашем диске и файловая система будет правильно настроена, я не думаю, что возникнут проблемы с какими-либо системными ограничениями. Однако скорость чтения / записи определенно будет проблемой. Учитывая, что на жестком диске средняя скорость ввода-вывода составляет 100 МБ / с, для обхода всего дерева потребуется около 4-5 дней.
Было бы лучше разделить данные на несколько компьютеров и распараллелить ваши операции.