Я предполагаю, что вы открываете свои файлы с помощью взаимодействия с Excel, что очень медленно. Если ваши файлы Excel 2007 или выше, вы можете создавать или редактировать файлы, используя бесплатный Microsoft Open XML SDK . В нем используется тот факт, что документы Office в версиях 2007 и выше представляют собой, по сути, файлы в формате xml, и предоставляет API для упрощения работы с этими документами без использования самого Excel.