Какой php.ini файл используется для Apache, и командная строка обычно зависит от вашего дистрибутива Linux; если вы используете Debian или Ubuntu, у вас, как правило, будет:
/etc/php5/apache2/php.ini для Apache - и
/etc/php5/cli/php.ini для командной строки - и PHPUnit запускается как приложение командной строки.
Но обратите внимание, что довольно часто (по умолчанию это верно в Ubuntu) , все файлы .ini из каталога /etc/php5/conf.d/ будут загружаться в режимах Apache и CLI.
Это означает, что, если вы хотите, чтобы расширение загружалось в обоих режимах, вы должны создать файл .ini в этом каталоге, загружая и конфигурируя его.
Например, у вас может быть файл /etc/php5/conf.d/zmq.ini, содержащий что-то вроде:
extension=zmq.so
(конечно, вам нужно будет указать название правильного .so файла)