Как уже упоминали другие;Я не стал бы беспокоиться о .Opacity, если вы не используете значения, превышающие 0 и 1. Я считаю, что будет более понятно (и более эффективно, но я предполагаю) использовать .Show и .Hide.
Чтобы центрировать форму над NotifyIcon в Системе, попробуйте;Вы можете просто захватить положение мыши и размер экрана.Внутри события NotifyIcon_Click вы можете сделать ...
Dim xPos As Integer = MousePosition.X
и центрировать вашу форму над этой позицией.Технически он не будет идеально центрирован над NotifyIcon - если вы щелкнете по левому краю, он будет центрирован по левому краю.Вы можете использовать .GetWorkingArea на PrimaryScreen, чтобы получить высоту и правильно расположить значение Y.