По моему опыту использования файлов политики JCE, он заменил файлы, и я был разочарован. Я закончил замену файлов при первом запуске.
Но, в конце концов, использование Bouncy Castle API было более уместным, и не было необходимости иметь файлы неограниченной силы. Это было более чистое решение.
http://www.bouncycastle.org/