Изменить ediff-combination-pattern
, либо через интерфейс настройки (пункт меню «Настройка Ediff», группа «Слияние Ediff»), либо с кодом Lisp, например
(setq ediff-combination-pattern
'("" A "" B "####### Ancestor" Ancestor ""))
Там будетпо-прежнему быть пустой строкой вокруг блоков.Начиная с Emacs 23.2, это встроено в 'ediff-get-комбинированный-регион'.
В качестве альтернативы удалите маркеры впоследствии с помощью
M-x flush-lines RET
^\(<<<<<<<\|>>>>>>>\|=======\) RET