Конечно, нет проблем. Вы должны преобразовать «реальную» пиксельную координату в координату точки четырехугольника.
"Seadragon Ajax использует нормализованную систему координат. Верхний левый угол изображения всегда находится в начале координат (0, 0), а ширина изображения всегда равна 1. Высота изображения зависит от соотношения сторон таким образом, изображение, которое в два раза меньше его ширины, будет иметь высоту 0,5 "
Итак, если вы знаете, что ваше изображение имеет размер 500x500px, то укажите 1,1 = 500px, 500px и 0.5,0.5 = 250px, 250px.
Преобразуйте, написав такую функцию:
var my_position_x=333; // the position you want to get point for
var my_position_y=666; // the position you want to get point for
var width=500;
var height=500;
var pointx=1/width * my_position_x;
var pointy=1/height * my_position_y;