Если вы добавляете файл кода в папку App_Code, он должен быть скомпилирован и доступен из файла кода для элемента управления или другого файла кода в файле App_Code.
Я не думаю, что вы сможете получить к нему доступ напрямую из скомпилированной сборки, поскольку компилятор не сможет найти эту ссылку во время компиляции.
Вам также необходимо знать, что App_Code скомпилирован в сборку, отличную от вашего кода с выделенным кодом, поэтому вы не можете получить доступ к internal
коду через разные сборки.