Вы не должны использовать только справочную копию.Используйте addAll()
:
globlalArrayList.addAll(TempArray);
Теперь вы просто ссылаетесь на один объект из двух ссылок.Если вы выполняете манипулирование одним, все это отражается на втором, поскольку они ссылаются на 1 (один) объект.
PS В Java используется стиль camelCase, поэтому, пожалуйста, назовите ваш массив как tempArray
.