Попробуйте: сохраните последние измененные даты
// use commons-io
Collection<File> files = FileUtils.listFiles(new File("/path/to/files"), null, true);
Map<File, Long> lastModifiedDates = new HashMap<File, Long>(files.size());
for (File file : files) {
lastModifiedDates.put(file, file.lastModified());
}
и проверьте наличие изменений:
// inside a loop (probably a TimerTask)
for (Map.Entry<File, Long> entry : lastModifiedDates.entrySet()) {
if (entry.getKey().lastModified() > entry.getValue()) {
// do something
}
}