Да, есть способ сохранить ваши старые функции. И если вы не хотите, чтобы функции S3 и S4 принимали одинаковое количество аргументов одинаковых классов, это даже сложно сделать.
# Create an S3 function named "myFun"
myFun <- function(x) cat(x, "\n")
# Create an S4 function named "myFun", dispatched when myFun() is called with
# a single numeric argument
setMethod("myFun", signature=signature(x="numeric"), function(x) rnorm(x))
# When called with a numeric argument, the S4 function is dispatched
myFun(6)
# [1] 0.3502462 -1.3327865 -0.9338347 -0.7718385 0.7593676 0.3961752
# When called with any other class of argument, the S3 function is dispatched
myFun("hello")
# hello
Если вы do хотите, чтобы функция S4 принимала аргумент того же типа, что и функция S3, вам нужно сделать что-то вроде следующего, установив класс аргумента так, чтобы R имел некоторые способ определения, какую из двух функций вы собираетесь использовать:
setMethod("myFun", signature=signature(x="greeting"),
function(x) cat(x, x, x, "\n"))
# Create an object of class "greeting" that will dispatch the just-created
# S4 function
XX <- "hello"
class(XX) <- "greeting"
myFun(XX)
# hello hello hello
# A supplied argument of class "character" still dispatches the S3 function
myFun("hello")
# hello