В .net 4.0 все еще есть дефект в Application.OpenForms. Форма будет удалена из списка форм при изменении свойства ShowInTaskbar. Используйте Application.OpenForms, если вы уверены, что они не меняют ShowInTaskbar. В противном случае подумайте об управлении своей собственной коллекцией OpenForms