Это звучит как простая настройка ключа -> значения - одна таблица, два столбца, первичный ключ в первом и никаких дополнительных индексов.Если ваши объекты большие, MySQL не подходит для этого.Если они маленькие, вы, вероятно, просто в порядке.Я думаю, что что-то около 12k слишком велико.Страницы InnoDB имеют размер 16 КБ, и если каждая запись с ее служебными данными занимает более одной страницы, вы начинаете создавать беспорядок.
Файловые системы хорошо справляются с этим, если вы разбиваете объекты, используя адекватное разделение папок.,Они обычно имеют проблемы, если у вас есть миллион файлов в одном каталоге.Где этот переломный момент зависит от файловой системы, так что вам придется провести некоторые исследования.Это означает некоторый пользовательский код.
MongoDB действительно подходит для парадигмы key-> value и лучше справляется с хранением объектов, чем MySQL.
В конце, если мы говоримменее 1000000 записей и менее 10 ГБ всего, просто бросьте его на MySQL и продолжайте.Я думаю, что в тот момент, когда это имеет значение, вы все равно захотите провести эталонный тест.