ошибка установки RandForestGUI (следовательно, 'rgl', 'X11) в "R версии 2.13.1 (2011-07-08)" - PullRequest
Новая
       13

ошибка установки RandForestGUI (следовательно, 'rgl', 'X11) в "R версии 2.13.1 (2011-07-08)"

3 голосов
/ 27 июля 2011

Я установил «R версии 2.13.1 (2011-07-08)» поверх «Ubuntu 10.04 - Lucid Lynx».(Я использую RStudio 0.94.92), со всеми заголовками, необходимыми для компиляции множества различных пакетов, которые я уже установил.Я застрял с: install.packages ("RandForestGUI") .Все шло гладко, пока 

.....
* DONE (sciplot)
ERROR: dependency ‘rgl’ is not available for package ‘clusterSim’
* removing ‘/home/rs/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.13/clusterSim’
Warning in install.packages :
  installation of package 'clusterSim' had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘clusterSim’ is not available for package ‘RandForestGUI’
* removing ‘/home/rs/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.13/RandForestGUI’
Warning in install.packages :
  installation of package 'RandForestGUI' had non-zero exit status

Я пытался: install.packages ("rgl") , но 

Installing package(s) into ‘/home/rs/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.13’
(as ‘lib’ is unspecified)
provo con l'URL 'http://rm.mirror.garr.it/mirrors/CRAN/src/contrib/rgl_0.92.798.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1677772 bytes (1.6 Mb)
URL aperto
==================================================
downloaded 1.6 Mb

* installing *source* package ‘rgl’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
….
checking for libpng-config... yes
configure: using libpng-config
configure: using libpng dynamic linkage
checking for X... no
configure: error: X11 not found but required, configure aborted.
ERROR: configuration failed for package ‘rgl’
* removing ‘/home/rs/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.13/rgl’
Warning in install.packages :
  installation of package 'rgl' had non-zero exit status

Наконец я попытался: установить.пакеты ("X11") и 

Installing package(s) into ‘/home/rs/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.13’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘X11’ is not available (for R version 2.13.1)

... застряли!.

Возможно ли иметь RandForestGUI в "R версии 2.13.1 (2011-07-08) "?Большое спасибо, Роберто Скотти

Ответы [ 3 ]

5 голосов
/ 27 июля 2011

Пара условий:

  • Используйте двоичный файл R из репозитория CRAN Ubuntu .
  • Сделайте sudo apt-get install r-base-dev, чтобы дополнить вашу среду R для локальной установки пакета, если вы еще этого не сделали.
  • Затем выполните sudo apt-get install r-cran-rgl, поскольку это самый сложный один из заголовков OpenGL.

Теперь попробуйте еще раз с пакетом RForestGUI и его другими зависимостями и проанализируйте пакет ошибок по пакетам.

2 голосов
/ 27 июля 2011

Ошибка указывает, что у вас нет соответствующего пакета заголовков X11 для вашей ОС. Это не пакет R. Вам нужно установить его, используя все инструменты, которые предоставляет Ubuntu (так как это Debian off-off, apt get должен работать, но могут быть и другие, предпочтительные методы для добавления пакетов в вашу ОС.

Руководство по установке и администрированию R предполагает, что для Debian необходим соответствующий пакет ОС: xorg-dev. Попробуйте установить его, используя менеджер пакетов в Ubuntu, и попробуйте установить rgl внутри R.

@ Dirk Eddelbuettel, без сомнения, прокомментирует, что в Ubuntu есть готовые пакеты для многих пакетов R или, по крайней мере, метапакет для R Development, который обеспечит наличие всех пакетов заголовков для вашей ОС, так что вы может собрать пакеты R во время установки. Я не использую Ubuntu или Debian, поэтому не могу помочь с этим аспектом вашей Q.

0 голосов
/ 08 июня 2017

Была похожая проблема для пакета clusterSim в OS X.

Нашли решение на плате rstudio :

X11 не устанавливается по умолчанию на более новыхверсии OS X, поэтому мне пришлось установить Quartz (дистрибутив osx X11)

...