При запуске запроса
In [3]: session.query(User).all()
2012-01-05 16:45:42,553 INFO sqlalchemy.engine.base.Engine BEGIN (implicit)
2012-01-05 16:45:42,554 INFO sqlalchemy.engine.base.Engine SELECT user.username AS user_username
FROM user
Ошибка при запуске фильтра
In [4]: session.query(MPA).filter(User.username=='test')
Out[4]: <sqlalchemy.orm.query.Query object at 0x25d12d0>
Так что если вы хотите список, то вы можете использовать это
In [5]: list (session.query(User).filter(User.username=='test'))
Но внутри он вызовет .all()
метод.