Скорее всего, это не так.Ваш консольный appender пишет только в консоль, но вы где-то определили некоторый файловый appender.Имейте в виду, что этот appender может быть определен в любом предке класса, где ведется регистрация, включая rootLogger, и для любого элемента можно иметь несколько appdenderВ этом случае регистрация будет происходить и с этим приложением файла.
Другая возможность - проверить это приложение и использовать тот же файл конфигурации log4j.Иногда log4j может использовать другой файл конфигурации, чем вы.