Достаточно одного сертификата, он связан с идентификатором пакета, а не с версией. У меня есть много версий многих приложений, использующих APNS.
Одна вещь, которую вы должны заметить, это то, что если вы работаете на testflight, вам нужно использовать производственный сертификат.
А если вы делаете APNS и у вас возникли проблемы, попробуйте EasyAPNS, у меня это хорошо сработало.