На любом сервере есть несколько наборов конфигурационных файлов. Наиболее очевидно Machine.config, который устанавливает множество значений по умолчанию, а затем web.config.
Любые значения, указанные в web.config, имеют приоритет. Файл конфигурации службы переопределяет какие-либо из этих параметров?