Это зависит от того, чего вы пытаетесь достичь. Первый добавляет тег script к вашей странице во время рендеринга со стороны сервера. Это может быть полезно для добавления динамически генерируемого JavaScript и тому подобных вещей.
Второй вариант интересен, только если вы используете ASP.NET AJAX для управления своим JavaScript, потому что он регистрирует множество других JavaScript на странице.
Так что, если вы хотите сохранить все в чистоте и планировать только использование jQuery, перейдите к варианту 3.