Выберите цель приложения, перейдите на вкладку Фазы сборки и убедитесь, что MyWindowController.m находится в Компилировать источники , в противном случае добавьте его.
Кроме того, если вы используете файл xib , связанный с ним, убедитесь, что он находится в Copy Bundle Resources .