Чтение и запись файла в методе EJB?
Да, почему это не должно быть возможно, если не установлены некоторые ограничения файловой системы?
Отправьте через Socket или HtttClient запрос post / get и управляйте его ответом.
Обычно это делается с помощью сервлета или веб-службы.
С EJB вы также можете делать удаленные вызовы, например, ища удаленный интерфейс с использованием JNDI и вызывая методы для него.
Запуск потоков внутри EJB (асинхронные запросы).
Да и AFAIK с Java EE 6, вам просто нужно добавить аннотацию @Asynchronous
.