Вы должны внести в свой проект и изменить конфигурацию maven-jar-plugin, которая по умолчанию настроена на добавление файла pom.xml в сгенерированный jar ... Конфигурация архива для maven-jar-plugin будетбыть правильным выбором.Лучше всего создать раздел pluginManagement и выполнить настройку для maven-jar-plugin.Но я не понимаю, почему это большая проблема.