Вы действительно не можете этого сделать.
Ваши клиенты "видят" веб-методы, потому что они перечислены в WSDL.Генерация WSDL довольно статична - она основана на атрибутах [WebMethod] в ваших методах.В действительности нет возможности удалять элементы из сгенерированного WSDL.
Если вы сможете переключиться на WCF, вам будет намного проще.А пока вам просто нужно использовать авторизацию - не позволяйте некоторым клиентам вызывать некоторые методы.