Проверьте логи сервера.Сервер действительно остановлен?Вы видите строку журнала, в которой говорится, что сервер остановлен?
Если нет, то это означает, что что-то препятствует остановке экземпляра сервера.Я видел это раньше, когда код JavaEE использовался для создания долго работающих потоков без их закрытия.
Вы можете сконфигурировать WebSphere для запуска с поддержкой отладки, а затем подключиться к нему через, скажем, Eclipse.Используя Eclipse, вы можете просматривать активные потоки на сервере, включая стек каждого потока;это может помочь вам отследить проблему.
Если журналы сервера показывают, что сервер остановлен ... ну ... для этого, по-моему, предназначены PMR.