Вы можете заключить свой глобальный код в функцию:
(function(window) {
window.whatever = something;
// ...
})(this);
Вы также можете сделать это:
(function(window) {
"use strict";
// ...
})(this);
что, пожалуй, хорошая идея в любом случае. Вы будете получать предупреждения / ошибки от случайных неопределенных переменных, даже без uglify.