Хорошо, я решил эту проблему. Мой инструмент рефакторинга переименовал все отлично. Даже имя фактического .xap файла, который генерируется. Единственное, что не исправило средство рефаторинга, это строка:
<param name="source" value="ClientBin/OldXapFileName.xap"/>
Это было причиной, по которой хостинг-проект загружал старый xap-файл, при каждом запуске приложения.
@ Андрей Шнайдер : В любом случае, спасибо. Ваш комментарий заставил меня удалить папку ClientBin. Поэтому я спрашивал себя, почему происходит сбой моего приложения, несмотря на то, что новый файл xap скопирован в папку ClientBin.