У меня была такая же проблема, после того как я не включил изначально каталоги и файлы в .ignore. Я также попробовал возможность «Отменить» и «Удалить из индекса», но это не помогло (из-за нерешенной проблемы Egit).
Итак, в конце я удалил файлы локально (оставив в проекте все ошибки), зафиксировал их и отправил на github, а затем отменил удаление локально и добавил файлы в .ignore.
Очень некрасиво, но это сработало.
Я потерял много времени и нервов на это, и я надеюсь, что это кому-то поможет.