Я вижу, к чему вы клоните ...
SELECT DISTINCT AppID
FROM app_extra
WHERE AppID NOT IN
(SELECT DISTINCT AppID from app_Extra
WHERE AppExtraID IN (9, 10))
Внутренний выбор идентифицирует все идентификаторы приложений, которые имеют 9 или 10 дополнительных.Эти строки затем будут исключены из основного выбора.Любой AppID, связанный с 9 или 10, будет удален, даже если у них есть еще один дополнительный идентификатор.