Несколько лет спустя, но может помочь кому-то еще ...
Попробуйте запустить с -v -d для получения дополнительной информации
wput file.ext ftp://User:pass@domain/path -v -d
Вы можете обнаружить, что причина его неудачи была в том, что вы использовали пустой файл в качестве теста, и в этом случае вы увидите это
==> SIZE bob.txt ... ---->SIZE bob.txt
[550] 'File not found'
failed.
local_fsize: 0
target_fsize: 0
resume_table: 1,0,2
Skipping this file due to resume/upload/skip rules.
-- Skipping file: bob.txt
processing queue:
Connection ended. (14002c0)
Checking whether 332 is writable... 1 (0:No error)
---->QUIT
[221] 'Goodbye'
Closing socket 14002c0
FINISHED --15:17:16--
Skipped 1 file.
Что, по-видимому, означает, что он откажется копировать файл размера 0, если нет файла для очистки.