Вы не можете передать countdownDiv или endDate в строке.Замените:
setTimeout("initCountdown('"+ countdownDiv +"', '"+ endDate +"', '"+ endMsg +"' )", 1000);
на:
setTimeout(function(){initCountdown(countdownDiv, endDate, endMsg); countdownDiv = null; endDate = null; endMsg = null}, 1000);
Установка в null - это грязный трюк, который нужно исправить для плохой сборки мусора в некоторых браузерах.