Я не пробовал: https://github.com/robrighter/node-boilerplate, но у него есть большая часть того, что вы после.
Я могу предложить использовать экспресс в качестве шаблона:
npm install -g express
Так что после того, как вы глобально установите его, вы можете сделать что-то вроде:
express newApp
, который создаст новый каталог с именем newApp и заполнит его образцом фреймворка.
(вы можете следовать http://expressjs.com/guide.html)
после этого вы можете "cd newApp" и запустить
npm install
это прочитает зависимости из package.json и загрузит необходимые модули node.js.
для socket.io просто запустите
npm install socket.io
Что касается Jade, это шаблонизатор по умолчанию, он встроен.
Что касается MySQL, есть варианты: https://github.com/joyent/node/wiki/Modules#wiki-db-mysql
тебе просто нужно выбрать. Если вы после ORM, я могу порекомендовать: https://github.com/sdepold/sequelize
Надеюсь, это поможет.