включен ли файл js в ваш файл .war?Я обычно помещаю свои js и css в src / main / webapp.что-то вроде src / main / webapp / js и src / main / webapp / css.
Во-вторых, вы можете ссылаться на него соответствующим образом, используя c: url, который позаботится о размещении контекста приложения и прочее.
<script type="text/javascript" src="<c:url value="/a.js" />" />
Вы можете использовать инструменты разработчика Firebug или Chrome, чтобы узнать, получаете ли вы 404 для a.js, и посмотреть, какой путь он на самом деле запрашивает.