Doctrine использует соглашения об именах, аналогичные PEAR, поэтому Doctrine.php находится в корне вашего include_path или в корне вашей библиотеки, рядом с каталогом Doctrine.Тем не менее, более новые версии Doctrine1 сохраняют этот файл только для обратной совместимости.Вы должны использовать Doctrine_Core - это тот же класс, но с новым именем (и местоположением).