Это можно сделать с помощью события DrawItem в RepositoryItem. Вот пример кода:
private void repositoryItemComboBox1_DrawItem(object sender, ListBoxDrawItemEventArgs e) {
if(e.State == DrawItemState.None) {
e.Appearance.BackColor = e.Index % 2 == 0 ? Color.Green : Color.Red;
}
}